M. Muravjovas 1864 m. išleido įsakymą uždaryti visas parapines mokyklas. Jų vietoje buvo pradėta steigti vien rusiškas, valdžios išlaikomas mokyklas, kuriose dirbo rusai mokytojai. Vėliau Molodečne (Vilniaus gubernija) ir Panevėžyje (Kauno gubernija) buvo įsteigtos mokytojų seminarijos. Panevėžio mokytojų seminarijoje buvo ruošiami mokytojai visai Lietuvai, išskyrus Užnemunę. Mokytojus Suvalkų (Užnemunės) gubernijos mokykloms rengė Veiverių seminarija. Šios gubernijos mokyklos programoje buvo numatyta mokyti ir lietuvių kalbos, kad būsimieji mokytojai galėtų bent susišnekėti su savo būsimais auklėtiniais. Rusų valdžia norėjo, kad Lietuvos gyventojai įgytų tik elementarų raštingumą: išmoktų rusiškai rašyti, skaičiuoti, melstis ir giedoti cerkvėje. Tačiau prievartinis rusų kalbos mokymas skatino tik dar didesnį lietuvių prisirišimą prie lenkų ir lietuvių kalbų.

1864 m. birželio 5 d. Vilniaus generalgubernatoriaus raštas Vilniaus cenzūros komitetui:
„Siunčiu lietuviškos abėcėlės egzempliorių, atspausdintą rusiškomis raidėmis, [ir] siūlau komitetui nuo šiol laikytis taisyklės: neprileisti spausdinimui nei vieno lietuviško elementoriaus, rašyto lenkiškomis raidėmis, ir leisti spausdinti juos tik tada, kai jie bus perrašyti rusiškomis raidėmis pagal pridedamą pavyzdį.“

Po 1863 m. sukilimo nuslopinimo vėl atnaujintos represijos prieš Katalikų Bažnyčią. Bažnyčios ir vienuolynai buvo uždaromi, uždrausta statyti naujas ir remontuoti senas bažnyčias. Kunigus stebėjo policija. Be valdžios leidimo savo vyskupystės parapijų negalėjo lankyti net vyskupai.
1864 m., nesuderinusi su Vatikanu, rusų valdžia Žemaičių vyskupystės centrą iš Varnių perkėlė į Kauną. Buvo uždraustos viešos bažnytinės procesijos už bažnyčios ir šventoriaus ribų. Neleista vaikščioti Kryžiaus keliais Vilniaus ir Žemaičių Kalvarijose, statyti kryžius pakelėse, pardavinėti religinius ženklus. Vėl imta griežtai kontroliuoti pamokslus. Katalikai buvo ir kitaip diskriminuojami. Jiems apribota teisė gauti kreditą, pirkti žemės, nuomoti valstybinius ūkius.

Už dalyvavimą sukilime daugeliui „nusikaltusių“ dvarininkų buvo įsakyta savo dvarus parduoti rusams, kurie buvo gausiai keliami į Lietuvos teritoriją. Tuomet ir atsirado daugelis rusų valdomų naujų dvarų ir ištisų rusų kaimų Lietuvoje. Į Lietuvą buvo atkelta apie 11 tūkst. žmonių ir jiems išdalyta apie 34 tūkst. dešimtinių žemės. Daugiausia kolonistų buvo Šiaulių, Kauno ir Ukmergės apskrityse.