Po 1830–1831 m. sukilimo, kraštui praradus švietimo ir mokslo institucijas, Lietuvos kultūrinį gyvenimą palaikė mokslo ir kultūros organizacijos. Tarp sukilimų Lietuvoje aktyviai veikė kelios mokslo ir kultūros organizacijos. 1805 m. įsteigta Vilniaus medicinos draugija, kuri dėl savo siauros profesinės bei mokslinės darbo krypties išvengė caro valdžios represijų ir veikė iki pat 1940 m. Tačiau gydytojai ne tik dirbo medicinos mokslo srityje, bet įsitraukė į kultūrinį Lietuvos gyvenimą. Garsiojo Vilniaus albumo leidimo organizatorius buvo medikas Jonas Kazimieras Vilčinskis. Daug jo kolegų reiškėsi literatūroje, dailėje, muzikoje.

1855 m. grafo Eustachijaus Tiškevičiaus iniciatyva buvo įkurta Vilniaus archeologijos komisija ir Senienų muziejus. Komisija domėjosi Lietuvos istorija, archeologija, literatūra, menais, organizavo mokslo ir kultūros gyvenimą. Jos veikloje dalyvavo didikai, dvarininkai, iš jų kilę inteligentai. Kad galėtų veikti, komisija rodė lojalumo caro valdžiai ženklus. Komisijos veikla Lietuvos gyvenime buvo labai svarbi, bent kiek kompensavo universiteto netektį, būrė kultūros žmones.

Po 1863–1864 m. sukilimo Vilniaus archeologijos komisija buvo paleista, o Senienų muziejus uždarytas. Rusijos valdžia uždraudė lietuviams steigti bet kokias draugijas ir organizacijas. Todėl XIX a. antroje pusėje Lietuvoje buvo steigiamos nelegalios lietuviškos draugijos, daug jų veikė už Lietuvos ribų.