Po 1863 m. sukilimo Rusijos valdžia siekė pertvarkyti Lietuvos švietimą ir jį panaudoti rusinimo tikslams. Per mokyklas tikėtasi įdiegti rusišką savimonę ir ugdyti vietos gyventojus lojaliais imperijos valdiniais. Šiam tikslui pasirinktos pirmiausia pradžios mokyklos.

1863 m. Rusijos valdžios paskelbtos „Vilniaus, Kauno, Gardino, Minsko, Mogiliovo ir Vitebsko gubernijų liaudies mokyklų laikinosios taisyklės“ nustatė, kad vaikus galima mokyti tik rusiškose pradžios mokyklose. Lietuviškos parapinės mokyklos buvo uždarytos, valsčiai turėjo už savo lėšas steigti valdiškas pradžios mokyklas, kurių mokytojai galėjo būti tik stačiatikiai. Tačiau valdžios sukurtų rusiškų pradžios mokyklų tinklas Lietuvoje plėtėsi lėtai ir buvo labai retas, kur kas retesnis nei kaimyninėse baltarusiškose gubernijose ir Rusijoje apskritai.

Įteisintam mokymui negimtąja kalba tėvai priešinosi ir slaptai mokė vaikus namie bei organizavo slaptąsias mokyklas. Namuose vaikus slaptai mokė dažniausiai motinos arba valstiečiai samdydavo mokytoją, vadinamąjį daraktorių.

Caro valdžia slaptas mokyklas persekiojo, už slaptą mokymą buvo numatytos didžiulės baudos, todėl ypač rūpintasi jų saugumu. Slaptosios mokyklos buvo dviejų tipų: pastovios ir kilnojamos. Pastovios mokyklos įsikurdavo klebonijose arba slapto mokytojo, vadinamojo daraktoriaus, namuose, tačiau dažniausiai vaikai rinkdavosi kas savaitę tai vieno, tai kito valstiečio troboje. Daraktorius irgi dažniausiai gyveno ir maitinosi pas tą valstietį, kurio troboje įsikurdavo mokykla. Už daraktoriavimą būdavo atsilyginama maistu, drabužiais ir pinigais.

Slapto mokymo lygis, jo turinys, organizacija ir metodika priklausė nuo daraktorių, kurių amžius ir išsilavinimas buvo labai įvarus. Tačiau didelė dalis mokėjo tik skaityti. Užnemunėje daraktoriavo nemažai lietuvių mokytojų. Baigę pamokas valdiškoje mokykloje, čia pat slapta mokydavo vaikus gimtąja kalba. XIX a. pabaigoje į slaptą mokymą įsitraukė nauja inteligentų karta. Slaptosios mokyklos paprastai dirbdavo 3–8 mėn. per metus, pasibaigus lauko darbams. Tačiau kai kurie daraktoriai mokė ir bandą ganiusius piemenukus ganyklose arba per pietus. Mokyta skaityti ir rašyti gimtąja kalba, kartais skaičiuoti, maldų, daugelyje mokyklų – dar ir rusų bei lenkų kalbų. Nemaža mokyklų buvo su dėstomąja lenkų kalba. Kai kuriose vaikai įgydavo ir istorijos bei geografijos žinių.

Be valdiškų pradžios mokyklų, Lietuvoje veikė dviejų tipų – klasikinės-humanitarinės pakraipos ir realinės su prioritetiniu gamtos ir tiksliųjų mokslų mokymu – vidurinės mokyklos, gimnazijos ir progimnazijos. Baigusieji klasikinę gimnaziją į universitetus galėjo stoti be egzaminų. Mokymas vyko rusų kalba. Tačiau gimnazijose mokytis galėjo nedaug kas – tik pasiturinčių tėvų arba turtingus globėjus turintys vaikai, nes - už mokslą reikėjo mokėti.

XIX a. antroje pusėje Vilniuje buvo įsteigta piešimo mokykla, mokytojų seminarijos, kelios techninio profilio mokyklos.