Po 1830–1831 m. sukilimo Rusijos valdžia siekė Lietuvoje palikti tik valdines pradžios mokyklas. Tačiau iš karto ji neturėjo nei lėšų joms išlaikyti, nei mokytojų, todėl buvo leista veikti lietuviškoms parapinėms mokykloms. 1854 m. Kauno gubernijoje veikė tik 15 valdinių pradžios mokyklų, kai tuo pat metu (1853 m. žemaičių vyskupo M. Valančiaus duomeninis) veikė 197 parapinės lietuviškos mokyklos.

Pradžios mokyklų mokymo turinys XIX a. antroje pusėje keitėsi. Vienklasėse valdinėse pradžios mokyklose mokiniai turėjo mokytis tikybos, skaityti (rusiškai, lietuviškai, lenkiškai), aritmetikos, dailyraščio ir skaityti rankraštį. Dviklasės mokyklos pirmoje klasėje mokytasi rusų kalbos, aritmetikos, geografijos pagrindų, tikybos; antroje – tų pačių dalykų ir Rusijos geografijos. Nuo XIX a. penkto dešimtmečio pradžios visi dalykai valdinėse pradžios mokyklose pradėti dėstyti rusų kalba, tik tikybos mokyta lietuviškai ar lenkiškai.

M. Valančiaus iniciatyva įsteigtose mokyklose, be oficialiai leistų dalykų (tikybos, skaityti lietuviškai ir rusų kalbos pradmenų), dar buvo papildomai mokoma lenkų kalbos, aritmetikos, kai kur – lotynų kalbos, geografijos.

Krašte buvo paplitęs namų mokymas ir kaimo mokyklėlės – bakalorijos. Valstiečiams tai buvo patogus ir pigus būdas išmokti savo vaikus skaityti ir rašyti. Tačiau šis mokymo būdas Rusijos valdžiai kėlė nerimą ir buvo grasinama didelėmis baudomis, jeigu bus mokoma be leidimo.

Rusijos valdžia varžė vidurinių mokyklų veiklą, ribojo valstiečių vaikų galimybę jose mokytis. Per pirmąjį dešimtmetį po 1831 m. sukilimo buvo uždarytos kelios valstiečių gausiai lankomos vidurinės mokyklos. Nuo 1824 m. pradėta siaurinti mokymo programas, jų mokymo turinį. Istorija ir geografija pradėta dėstyti rusiškai, o po 1830–1831 m. sukilimo, reformavus vidurines mokyklas, visur įvedama kaip dėstomoji valstybinė rusų kalba. Atsisakyta logikos, politinės ekonomijos, dorovės ir prigimtinės teisės, gamtos mokslų, Lietuvos ir Lenkijos istorijos, lenkų kalbos ir literatūros, sodininkystės ir daržininkystės, susiaurintas visuotinės istorijos, fizikos kursas. Lietuvos gimnazijų mokymo programos buvo sulygintos su visos Rusijos imperijos gimnazijų programomis.

Nuo 1832 m. Lietuva liko be aukštojo mokslo institucijos – universiteto. Viena svarbiausių universiteto uždarymo priežasčių buvo studentų politinis aktyvumas, jų slapta veikla. Iš uždarytos aukštosios mokyklos fakultetų Rusijos valdžia įkūrė dvi akademijas – Medicinos (1832 m.) bei Dvasinę katalikų (1833 m.). Tačiau pirmoji dėl studentų slaptos veiklos 1842 metais buvo uždaryta, o Dvasinė katalikų akademija 1844 m. perkelta į Peterburgą.