XIX a. pr. Rusijos imperijos švietimo sistemos pertvarkymai buvo įgyvendinti remiantis Abiejų Tautų Respublikos Edukacinės komisijos ir seniausios Lietuvos mokyklos (Vilniaus universiteto) patirtimi. Švietimo reformos rengimo darbe aktyviai dalyvavo Rusijos caro Aleksandro I draugas Adomas Jurgis Čartoriskis, kuris puoselėjo idėją atkurti žlugusią valstybę.

Aleksandro I vyriausybė, apsvarsčiusi įvairius pasiūlymus, nutarė visoje Rusijos imperijoje sukurti vadinamąją universitetinę švietimo struktūrą. Rusijos imperija buvo suskirstyta į 6 švietimo apygardas – kiekvienai jų turėjo vadovauti universitetas. Įkurtai Vilniaus švietimo apygardai buvo pavesta vadovauti Vilniaus universitetui, kuris nuo 1803 m. buvo pavadintas Vilniaus imperatoriškuoju universitetu.

Vilniaus universitetas buvo pati didžiausia aukštoji mokykla visoje Rusijos imperijoje. Mokslo ir studijų srityje jis siekė perimti tai, ką jau buvo pasiekę kitų šalių universitetai, todėl palaikė glaudžius ryšius su Rusijos imperijos ir daugelio Europos šalių universitetais. Vilniaus universitetas plėtojo mokslinius tyrimus ir kultūrinę veiklą.

Mokslinė veikla

Gamtos mokslų srityje pasižymėjo profesoriai Stanislovas Bonifacas Jundzilas, Andrius Sniadeckis, Liudvikas Heinrikas Bojanas, Eduardas Eichvaldas. Jie rūpinosi moksliniu Lietuvos augalijos bei gyvūnijos pažinimu.

Tuo metu kūrėsi Vilniaus medicinos mokykla, kurios žymiausi atstovai buvo Johanas Andrius Lobenveinas, Johanas Peteris Frankas, Jozefas Frankas, Janas Frydrichas Niškovskis, Mikalojus Mianovskis ir kt. Universiteto profesoriai pradėjo teikti medicinos pagalbą, prieinamą ir vargingiesiems gyventojams, įsteigė motinystės ir vakcinacijos institutus — pirmąsias tokio pobūdžio įstaigas Europoje, – Vilniaus medicinos draugiją.

Iš Martyno Počobuto astronomijos observatoriją perėmė ir tęsė stebėjimus ir tyrimus ilgametis universiteto rektorius Jonas Sniadeckis. Astronomijos profesorius Petras Slavinskis daug prisidėjo prie Lietuvos bei Latvijos trianguliacijos ir geodezijos darbų.

1831 m. rudenį originalų tikimybių skaičiavimo kursą pradėjo skaityti vokietis Zigmantas Revkovskis.

Moralinių ir politinių mokslų fakultete išryškėjo savita istorikų mokykla, kuriai atstovavo istorikai Ignas Onacevičius, Joachimas Lelevelis ir teisininkai, teisės bei kultūros istorikai Ignas Danilavičius ir Juozapas Jaroševičius.

Pedagoginė veikla

Vilniaus universitete buvo keturi fakultetai: Fizikos-matematikos, Medicinos, Moralinių ir politinių mokslų, Literatūros ir laisvųjų menų. Universitete buvo įvestos naujos disciplinos, ruošusios kraštui reikalingus specialistus – medikus, teisininkus, inžinierius, statybininkus, agronomus. Humanitariniai mokslai buvo susiję su lenkų kultūra ir jos sklaida.

Kultūrinė veikla

Vilniaus universiteto profesorių iniciatyva Lietuvoje buvo įkurtos pirmosios mokslo ir kultūros draugijos: Medicinos (1805), Labdarybės (1808), Spaudos (Tipografijos) (1818) ir kitos. Universitete vyko mokslo tiriamasis darbas, knygų leidyba, o per kultūrines draugijas buvo veikiamas krašto kultūrinis gyvenimas.

1803–1832 m. Lietuvoje veikė kelių tipų pradžios mokyklos. Labiausiai buvo paplitusios vienklasės parapinės mokyklos, kuriose buvo mokoma skaityti, rašyti, aritmetikos, tikybos ir kartais giedoti. Mokslas trukdavo dažniausiai bent 2 ar 3 žiemas. Jos buvo steigiamos prie bažnyčių ir priklausė nuo klebono. Dviklasių parapinių mokyklų buvo nedaug. Jose mokslas trukdavo 4–5 metus. Be elementarių žinių jose buvo dėstomos lotynų ir rusų kalbos, geografija, o kai kuriose ir užsienio (vokiečių) kalba. Daug veikė tarpinio tipo mokyklų su skirtingomis mokymo programomis. Atskirą Lietuvos mokyklų tipą sudarė neoficialios kaimo (Suvalkijoje „pakampių") mokyklėlės – bakalorijos. Jų programos niekas nesudarinėjo ir darbo nekontroliavo. Jos kūrėsi pačių valstiečių ar smulkiųjų bajorų iniciatyva.

Iki 1831 m. vienose parapinėse mokyklose mokyta lietuviškai, kitose – lygiagrečiai ir lenkiškai ar vien lenkiškai. Dviklasėse parapinėse ir vidurinėse mokyklose dažniausiai buvo dėstoma lenkiškai.

Lietuvos vidurinės mokyklos buvo vadinamos apskritinėmis ir gimnazijomis. Apskritinės būdavo trijų, keturių ar penkių klasių, ir mokslas jose trukdavo šešerius metus (kai kurios klasės buvo dvimetės). XIX a. pradžioje mokyklose buvo mokoma pagal Edukacinės komisijos laikų programas. Jos buvo filologinio profilio, bet dėstyta daug realinių dalykų. Dėstomoji kalba — lenkų. Gimtoji mokinių kalba kai kur buvo dar vartojama pirmose klasėse, kol vaikai pradėdavo suprasti svetimą kalbą.